El monasterio de San Francisco de los Reyes fue construido entre 1606 y 1613 para frailes franciscanos, durante el reinado de Felipe III. Fue fundado por doña Leonor de Rojas, hermana del duque de Lerma, de donde procede el nombre de la villa. La comunidad recibió esplendidos regalos por parte de Felipe III y su valido.
Esta villa se convirtió en una de las más poderosas durante el mandato del duque de Lerma, quien intentó que fuera para la nueva corte (Valladolid), lo mismo que significó El Escorial en tiempos de Felipe II. Para su construcción, se contó con artistas y arquitectos como Pedro de Herrería, Francisco de Isla, Juan de Naveda o Juan de Rozadilla.
Actualmente el edificio está deteriorado y tiene la techumbre derruida en ciertos puntos. El interior del edificio cuenta con unas vigas de madera que en varios espacios están caídas. Asimismo, la maleza cubre parte de una de las paredes y contribuye al deterioro.
Incluido en la Lista Roja de Patrimonio de «Hispania Nostra» en febrero de 2023. Ha sido adquirido por manos privadas para una futura rehabilitación turística y cultural.
